Malteseren har god helse, og er ikke plaget av noen spesifikke sykdommer. Men som med andre raser, kan det oppstå noen helsemessige problemer. Rasen blir pr i dag ikke øyelyst, kun noen få i Norge er øyelyste. Patellaluxasjon finnes på rasen som på andre miniatyrraser. Tannstein er et utbredt problem . Tennene må regelmessig passes på. Rennende øyne er nok pr i dag det største problemet på rasen. Dette er kun et kosmestisk problem. Rasen lever lenge, og de kan bli opp mot 16 -17 år, så lenge de får det stellet de trenger, og holder seg sunne og friske. Se RAS , der står det mere om helse